东洲玄医界青禾谷传人叶清玄，本是身怀混沌医脉的天纵奇才，却因师父封印自幼沦为凡人。宗门遭黑风寨血洗，师父战死前解开其部分封印，留下《青囊秘卷》、九转还魂草与医道罗盘三件至宝。背负血海深仇的叶清玄，携至宝亡命天涯，途中结识武道世家嫡女苏凝霜，以医术换守护，二人结伴同行。他一路解锁医道能力，于寒雾岭夺冰晶灵草，破黑风寨阴谋，意外发现冥界阴煞入侵的真相。从东洲主城的医武交锋，到南洲蛮荒寻毒术篇、北洲雪域觅阵法篇，叶清玄整合医毒武阵四大能力，收服阴医墨尘，感化武道盟主楚狂，组建联盟抵御阴煞。后闯灵界破天武阁围剿，入冥界战玄阴老祖，最终融合医武本源突破医道仙尊境。而当三界阴煞渐消，转世归来的他，又将面对混沌虚无族的入侵与鸿蒙法则的考验，以医道通玄之力，守护三界乃至域外万千世界，开启医武同源的全新纪元。
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